Real Basílica-Colegiata del Santo Sepulcro de Calatayud
Es la más antigua de las hermandades bilbilitanas. Tiene su sede en la basílica, y su titular se encuentra en la capilla del bautismo.
Se trata de la hermandad penitencial más numerosa de la Ciudad con más de 500 hermanos. Su actividad no sólo se circunscribe a las celebraciones cuaresmales y de Semana Santa, sino que llevan a cabo una obra social muy importante, y organizan distintos eventos a lo largo del año, como la muestra de villancicos populares con los colegios de Calatayud.
La Adoración Nocturna Española, fundada en Calatayud en 1904, tiene actualmente su sede en la Basílica. Cada último sábado de mes celebran la Vigilia Ordinaria, además de hacerse presente en otros momentos de culto a la Eucaristía, como el Jueves Santo o el día del Corpus Christi. La Adoración Nocturna Española se articula como una Cofradía de ámbito nacional agregada a la Archicofradía de la Adoración Nocturna del Santísimo Sacramento de la ciudad de Roma, que se estructura en secciones locales que se agrupan en Consejos Diocesanos.
Hermandad de la Divina Pastora
De reciente creación (2013), tiene su sede canónica en el Monasterio de la Inmaculada Concepción de la RR. MM. Capuchinas de Calatayud, dentro del término parroquial de la Basílica. Su fiesta es el 3er sábado de Pascua, y la romería pastoreña se celebra el domingo de la Santísima Trinidad.
Cofradía de la Virgen del Carmen
La Cofradía de la Virgen del Carmen es una de las de más solera en Calatayud. Originalmente fue la Venerable Orden Tercera Carmelitana, aunque posteriormente se erigió en cofradía. Durante el mes de julio celebra sus actos principales, destacando el día 16 la fiesta de su titular, que se encuentra en la capilla del Sacramente de la Basílica.
Hermandad de San Blas
San Blas es una devoción muy arraigada en la Basílica. De hecho, durante muchísimo tiempo, la actual capilla del bautismo recibía el nombre de capilla de San Blas. Su hermandad celebra los cultos principales el 2 y 3 de febrero, asistiendo una gran cantidad de fieles a bendecir alimentos bajo la protección de San Blas.
Hermandad de Santa Cecilia
El mes de noviembre celebra esta hermandad sus actos de culto más importantes, con la salve y la misa el día de su titular. Las distintas agrupaciones musicales y corales asisten a esta celebración en el día de su Patrona.